ترافق عهد الأتاسي الأخير مع صعود نجم جمال عبد الناصر في مصر، الذي لم يكن على علاقة جيدة مع نظيره السوري. كان الأتاسي ينظر إلى عبد الناصر ورفاقه من الضباط الأحرار على أنهم “مراهقون” في السياسة، لا خبرة لهم ولا حكمة، وقد رفض أن تكون لهم اليد العُليا في رسم سياسات الوطن العربي وفرض إرادتهم ومشيئتهم على سورية. وقد ظهر الخلاف بينهم منذ أن أعطى الأتاسي اللجوء السياسي لبعض كوادر الإخوان المسلمين في مصر، المُلاحقين أمنيّاً بعد محاولة اغتيال عبد الناصر في مدينة الإسكندرية في تشرين الأول 1954. رد عبد الناصر بسحب السفير المصري من دمشق وشنّ حملة إعلامية واسعة على حكّام سورية عبر جريدة الأهرام وإذاعة صوت العرب.